O Esporte Clube São Bento foi fundado em 14 de setembro de 1913, na cidade de Sorocaba. Nascido sob o nome de Sorocaba Athletic Club, adotou a denominação atual em 1914. As motivações para tal mudança foram uma homenagem ao clube homônimo existente na capital paulista.
O clube com vocação para o futebol permaneceu apenas com atividades amadoras em disputas de campeonatos municipais e regionais até o início dos anos 50.
Em 1953, o clube optou por profissionalizar-se. A primeira partida do clube como equipe profissional ocorreu no dia 10 de junho de 1953, com a vitória em amistoso sobre a Ferroviária de Botucatu por 4 a 2.
Ainda nesse ano, o São Bento estreou contra o Bragantino em Bragança Paulista, em competições oficiais, na primeira divisão do futebol paulista, a chamada Divisão de Acesso. Sua primeira partida oficial em casa foi contra o Taubaté.
Primeiro Título Do São Bento diante do XV de Piracicaba em 1917
Em 1956, a equipe enfrentou o primeiro desafio internacional, empatando com o time uruguaio Nacional de Montevidéu por 2 a 2, em Sorocaba.
Capa do Jornal Cruzeiro do Sul após a conquista da Primeira Divisão (Acesso) em 1963.
Após algumas boas temporadas na primeira divisão, na temporada de 1962, o Azulão obteve acesso à Divisão Especial do Futebol Paulista, graças ao título da Primeira Divisão, conquistado na final contra o América de São José do Rio Preto.
As duas primeiras partidas da final terminaram empatadas em 0 a 0 em São José do Rio Preto e 1 a 1 em Sorocaba. A partida decisiva ocorreu no estádio do Pacaembu, na noite de 22 de fevereiro de 1963, ante a presença de mais de três mil torcedores do Azulão. O São Bento venceu por 2 a 1, obtendo o título mais importante de sua história.
Na década de 1960, o clube obteve suas melhores colocações no Campeonato Paulista. Logo no ano de estreia na Divisão Especial, em 1963, o São Bento terminou a competição na quarta colocação, à frente de Corinthians e Portuguesa. Nos anos de 1964, 65 e 68 ficou em sexto. Na elite do futebol paulista, o Esporte Clube São Bento permaneceu por 29 anos consecutivos.
Em 1979, o São Bento disputou pela primeira vez um campeonato nacional da divisão principal, finalizado na 15ª posição, entre 96 clubes.
Algumas boas temporadas no Paulista ocorreram ainda nos anos 80. Em 1985, o clube foi campeão da Taça Estado de São Paulo.
Nos anos 90, o São Bento chegou à série A3, só resgatando o sucesso nos anos 2000.
Em 2001, conquistou o título do Campeonato Paulista da Série A3. No ano seguinte, em 2002, mais um título, o de campeão da Copa Estado de São Paulo em final contra o Jaboticabal.
Equipe principal do Esporte Clube São Bento em 1962
Em grande fase, a equipe retornou à série principal do Futebol Paulista em 2005, permanecendo na elite por dois anos. Algumas más temporadas levaram o clube de volta à série A-3.
Em 2013, graças a um esforço coletivo da comunidade beneditina e a boa organização de sua diretoria, um ótimo time o time fez campanha brilhante, e conquistou um emocionante acesso para à Série A2 no ano de seu centenário, coroando a bela campanha com mais um título de campeão.
Conquista do acesso à Série B do Campeonato Brasileiro em 2017
Em 2014, nova ótima temporada, que foi finalizada com o acesso ao Campeonato Paulista A1.
Em 2016, numa grande campanha que culminou com o quinto lugar no Paulistão, o clube obteve o direito de retornar às competições nacionais, das quais estava ausente desde 1992. Disputou as séries D e C, e acessos sucessivos permitiram-no atingir a série B em 2017, colocando-se entre os 40 melhores times do Brasil.
Durante todo esse tempo, inúmeros talentos foram lapidados no clube. Destacam-se Mickey, Marinho Peres, Luís Pereira, Paraná, Luiz Antônio, Odair Patriarca, Guinei, Tupãzinho, dentre tantos abnegados jogadores que honraram a camisa alviceleste.
